El ITESPF tiene una estructura jerárquica y funcional, lo que significa que cada nivel jerárquico tiene funciones y responsabilidades específicas, y se espera que se coordinen y colaboren entre sí para lograr los objetivos de la institución. También hay una estructura matricial en algunas áreas, como la investigación o los proyectos especiales, donde se involucran expertos de diferentes unidades y se establecen equipos de trabajo temporales y equipos ad hoc.
